باتری آیفون 6s داخلی (غیرقابل تعویض توسط کاربر) و لیتیوم یونی است. ظرفیت باتری آیفون 6 اس به 1715 میلی آمپر ساعت رسیده است که برای تامین انرژی تاچ و ال سی دی آیفون 6 اس خوب به نظر می رسد. طبق اطلاعات رسمی اپل، باتری آیفون 6 اس در شبکه 3G در حالت آماده به کار تا 240 ساعت دوام می آورد. در تماس شبکه 3G، می توانید تا 14 ساعت مکالمه مداوم از طریق این گوشی اپل قبل از تمام شدن شارژ داشته باشید. باتری داخلی یا غیر قابل تعویض آیفون مزیت استفاده از باتری یدکی در زمان شارژ کامل گوشی را ندارد، اما باتری های غیر قابل تعویض نیز مزایای خود را دارند. برای شارژ باتری این گوشی بهتر است از شارژر اصلی آیفون 6 اس استفاده کنید تا عمر باتری شما افزایش یابد.